En el año 1972 se crea el Departamento de Medicina Aeroespacial, en dependencias que se ubicaban en la calle Erasmo Escala, pleno centro de Santiago. Su primer Director fue el Comandante de Grupo (S) Alberto Spoerer Covarrubias, quien la encabezó hasta 1975. Desde su creación, se han destacado algunos hitos en la historia del hoy Centro de Medicina Aeroespacial.
El primero es el desarrollo definitivo de la Medicina de Aviación en la Fuerza Aérea de Chile, con la incorporación del Programa de Entrenamiento Fisiológico (PEF), dirigido a todo el personal que realiza actividades de vuelo, especialmente a los pilotos, lo que consideraba la adquisición de una cámara hipobárica. En ese momento, el Departamento era dirigido por el Comandante de Grupo (S) Sergio Olmedo.
Es bajo ese mando, en 1981, donde se da inicio a la construcción de las nuevas dependencias de la Unidad, las que se ubicarán en el Hospital Clínico Institucional. Al año siguiente, se concreta la instalación de la primera cámara hipobárica, fabricada por la empresa estadounidense Environmental Tectonics Corporation (ETC), lo que permitió poner en marcha el PEF en 1983.
Luego de 24 años, y según lo descrito en el Decreto Supremo Nº 724 de 1996, se crea y reconoce como Unidad el Centro de Medicina Aeroespacial (CMAE), quedando incorporada dentro del organigrama institucional. En esa misma oportunidad es designado como Director, el Comandante de Escuadrilla (S) Alfredo Arriagada Rehren.
En 2004, y tras 23 años de funcionamiento, la cámara hipobárica es sometida a un completo proceso de modernización, lo que implicó automatizar los sistemas de mando y control, e incorporar la capacidad de monitorear las señales biométricas tanto de los alumnos como de los instructores que deben de utilizarla.
En la actualidad, el mando del Centro está bajo la dirección del Coronel de Aviación (S) Alger Rodó González.
Directores del Centro de Medicina Aeroespacial (CMAE)
1972 - 1975, Comandante de Grupo (S) Alberto Spoerer Covarrubias
1975 - 1978, Comandante de Grupo (S) Elías Jacob Helo
1978 - 1980, Comandante de Grupo (S) Ángel Guzmán Veliz
1980 - 1985, Comandante de Grupo (S) Sergio Olmedo Droguett
1985 - 1987, Comandante de Grupo (S) Sergio Olave Rojas
1987 - 1994, Comandante de Grupo (S) Raúl Yazigi García
1994 - 1995, Comandante de Grupo (S) Juan Pomes Gras
1995 - 2002, Comandante de Grupo (S) Alfredo Arriagada Rehren
2002 - 2004, Coronel de Aviación (S) Charles Cunliffe Checura
2004 - 2007, Comandante de Grupo (S) Luis Gustavo Hein Molina
2007 - 2013, Comandante de Grupo (S) Carlos Polanco Lazo
2013 - 2015, Coronel de Aviación (S) Xabier De Aretxabala Urquiza
2015 - 2017, Comandante de Grupo (S) Carlos Polanco Lazo
2017 - 2019 Coronel de Aviación (S) Alger Rodó González
2019 a la fecha: Coronel de Aviación (S) Claudio Montiglio Valenzuela
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